Τον Ράιχ τον παρακολουθούσαν παντού. Οι τηλεφωνικές συνομιλίες του καταγράφονταν και δεχόταν συνεχώς αλλόκοτα τηλεφωνήματα. Δεν κατόρθωσε να κερδίσει το ενδιαφέρον των επιστημόνων με τις μεθόδους που ανέπτυξε για τον έλεγχο του καιρού και της ερήμου, καθώς αυτοί αρκούνταν στις πεπαλαιωμένες απόψεις όπως στην άρδευση των εδαφών και στο βομβαρδισμό των σύννεφων. Παντού βρισκόταν αντιμέτωπος με εμπόδια και κατηγορίες. Συνεχώς με εξέπληττε που μπορούσε ακόμη να ενδιαφέρεται σοβαρά για την ευημερία όσων συνεργατών τού είχαν απομείνει και των οικογενειών τους.
Τον Ιούλιο του 1955, οι κατηγορίες για περιφρόνηση δικαστικής εντολής επιδόθηκαν αρμοδίως στον Ράιχ και τον Σίλβερτ για να ακολουθήσει το ποινικό δικαστήριο. Και οι δύο, παρόλο που συμβουλεύτηκαν δικηγόρους, αποφάσισαν να υπερασπιστούν μόνοι τον εαυτό τους. Στο δικαστήριο ο Ράιχ συμπεριφέρθηκε ως συνήγορος, κατήγορος, εναγόμενος και δάσκαλος. Στην πραγματικότητα δεν είχε παραβιάσει την απόφαση του δικαστηρίου, αλλά νόμιζε πως παραβίασε τη δικαστική εντολή με το ταξίδι στην Αριζόνα.
Η αίσθηση καθήκοντος απέναντι στον Σίλβερτ, παρόλο που γνώριζε πως αυτός ήταν ο πραγματικός υπεύθυνος για το αδίκημα της περιφρόνησης της δικαστικής εντολής, τον οδήγησε να μοιραστεί ισότιμα την ευθύνη και τελικά να δηλώσει στο δικαστήριο πως είχε παραβεί την εντολή. Και οι δύο κρίθηκαν ένοχοι. Ο Ράιχ καταδικάστηκε σε δύο χρόνια φυλάκιση, ενώ ο Σίλβερτ ένα χρόνο και μια μέρα. Επιπλέον, επιβλήθηκε πρόστιμο 10.000 δολαρίων στο Ίδρυμα Βίλχελμ Ράιχ. Ο Ράιχ δήλωσε ανοιχτά πως δεν θα επιβίωνε μέχρι το τέλος της ποινής του. Γνώριζε πως υπέφερε από σοβαρή καρδιοπάθεια που δεν την είχε αναφέρει σε κανέναν. Η δομή του δεν θα μπορούσε να αντέξει τη φυλακή, αρχικά στο Κονέτικατ και στη συνέχεια στη φυλακή τού Λούισμπεργκ στην Πενσιλβάνια.
Πέθανε στις 3 Νοεμβρίου του 1957, μια εβδομάδα πριν την ημερομηνία που μπορούσε να αποφυλακιστεί. Μέσα στη φυλακή διαμόρφωσε την τελική φόρμουλα - εξίσωση για την αντιβαρύτητα και έγραψε το τελευταίο του βιβλίο με τίτλο «Δημιουργία». Τα χειρόγραφά του εξαφανίστηκαν μυστηριωδώς μέσα στη φυλακή και η εξίσωση πέθανε μαζί του. Σκόπευε να τη δώσει στο γιο του την ερχόμενη εβδομάδα.
Ο Βίλχελμ Ράιχ κηδεύτηκε στο Όργονον στις 6 Νοεμβρίου του 1957, με απλή τελετή σύμφωνα με τις γραπτές οδηγίες του. Παραβρέθηκα και τον αποχαιρέτησα με την ακόλουθη ομιλία:
«Φίλοι μου βρισκόμαστε εδώ για να αποχαιρετήσουμε τον Βίλχελμ Ράιχ, λέγοντας το τελευταίο αντίο. Ας τηρήσουμε ενός λεπτού σιγή αποδίδοντας τιμή στο προνόμιο. Το απίστευτο προνόμιο να τον γνωρίσουμε. Μια φορά στα χίλια χρόνια, ίσως μια φορά στα δυο χιλιάδες χρόνια, ένας τέτοιος άνθρωπος έρχεται στη Γη για να αλλάξει το πεπρωμένο της ανθρωπότητας.
Όπως έχει συμβεί σε κάθε ξεχωριστή προσωπικότητα, καταδιώχθηκε, δυσφημίστηκε και διαστρεβλώθηκε το έργο του. Ήρθε αντιμέτωπος με όλα αυτά μέχρις ότου μια οργανωμένη συνωμοσία τον έστειλε στη φυλακή και εκεί τον σκότωσε. Εμείς ήμασταν μάρτυρες όλων αυτών. «Της δολοφονίας του Χριστού».
Οι λέξεις είναι πολύ φτωχές και λίγες για να περιγράψω ή να διευκρινίσω τι κατάφερε να κάνει. Η δουλειά του ολοκληρώθηκε. Κέρδισε τη γαλήνη και άφησε πίσω του, στους ανθρώπους αυτής της Γης, μια τεράστια κληρονομιά. Δεν θρηνούμε αυτόν, αλλά όλους εμάς, για αυτή τη σημαντική απώλεια. Ας αναλάβουμε την ευθύνη του έργου του και ας ακολουθήσουμε το μονοπάτι που μας άνοιξε. Εμπρός ας το κάνουμε».